기쁨교회는 추구하는 비전을 이룰 목회형태로 목장교회(셀교회)를 채택한다.

따라서 목장사역에 최우선의 가치를 둔다. 목장교회란 목장(셀)을 중심으로 움직여지는 교회를 의미한다. 

이 목장교회는 구역조직으로 구성된 교회에 대한 하나의 발전된 새로운 대안이며 가정교회를 지향했던 초대교회(행2:37-47)의 재현이라고 할 수 있다.

초대교회의 특징은 모든 교회가 가정이었고 가정교회의 지도자는 주로 평신도들이었다. 초대교회는 집에서 모이는 작은 친밀한 공동체로 매일 교제를 나누며, 떡을 떼고, 서로 섬기고 사랑하고, 세워주며, 훈련시키고, 기도하며 성령의 은사를 나누고 치유하는 교회였다. 그리고 초대교회 교인들은 하나님나라 확장을 위해 복음 전파에 온전히 헌신했다. 목장교회는 이런 초대교회의 모습을 지향하는 교회의 모습이다. 이것을 위해 두날개(셀모임과 주일 축제예배)를 중요시하는 목회를 한다. 기쁨교회는 이런 목장교회로 교회를 시작하고 주님이 오시는 그날까지 계속 성장한다.